Минеральные подземные воды на территории Республики Хакасия в настоящее время используются очень слабо. В ряде мест центральной и северной степных частях республики в процессе геологоразведочных работ встречены воды с минерализацией до 5 г/дм3, а в долине озера Шира - до 10 - 12 г/дм3.
 
Ширинское месторождение подземных минеральных вод

В практических целях используются питьевые лечебно-столовые минеральные воды Ширинского месторождения, для наружного применения - радоновые воды Дикоозерского месторождения. На их базе работают курорт "Озеро Шира" и санаторий "Туманный". Запасы подземных вод утверждены на Ширинском месторождении в количестве 43 м3/сут по категории В и 42 м3/сут по категории С1. В 2004 г. курортом "Озеро Шира" извлекалось воды 2,0 м3/сут, санаторием "Туманный" - 47,0 м3/сут, то есть соответственно 2 и 18 % разведанных и утвержденных эксплуатационных запасов.
По составу подземные минеральные воды сульфатно-натриевые. Величина минерализации изменяется от 1,2 /дм3 до 2,6 /дм3. В многолетнем разрезе происходит уменьшение минерализации, что объясняется поступлением пресных вод в продуктивный комплекс при порывах водопроводных сетей и увеличением в последние годы количества выпадающих атмосферных осадков. Источником питьевой воды здесь являются поверхностные воды озера Иткуль, расположенного в 4-х километрах южнее озера Шира и курорта.
 
Дикоозёрное месторождение радоновых вод
 
Минеральные воды Дикоозерского месторождения приурочены к зоне дробления кремнистых и графито-глинистых сланцев нижнего кембрия. Мощность водоносного горизонта 30 метров, коэффициент фильтрации 0,7 м/сут, коэффициент уровнепроводности 2*103 м2/сут. По химическому составу воды месторождения холодные (3 - 70С) гидрокарбонатно-сульфатные, кальциево-магниевые с минерализацией 0,6 - 0,7 г/дм3. Содержание радона составляет в среднем 66 Нки/дм3, т.е. воды со средней концентрацией радона.

Ханкуль, минеральный источник

На розлив как лечебно-столовая используется минеральная вода из скважины месторождения Ханкульское в Аскизском районе. Выполненные анализы воды показали, что по составу она сульфатная натриевая с минерализацией 1,9 г/дм3 и близка к чебоксарскому типу. Величина водоотбора составляет 96 м3/сут. Эксплуатируется слабоводоносный верхнедевонский терригенный комплекс.

Кузнецовское месторождения подземных минеральных вод
 
В 2003 году разведаны и утверждены запасы подземных минеральных вод Кузнецовского месторождения в Аскизском районе, в непосредственной близости от Ханкульского месторождения. Запасы подземных вод по категории С 1 в количестве 100 м3/сут.

Тёплый (Горячий, Абаканский) ключ
 
Кроме вышеперечисленных месторождений минеральных вод на территории республики известны источники, используемые как "дикие курорты". Здесь поисково-оценочные и разведочные работы не проводились. Наиболее популярен "Горячий Ключ". Административно он расположен на территории Таштыпского района в 150 км от г. Абаза в горной местности Западного Саяна. Выход источника приурочен к склону долины р. Бедуй, притока р. Большой Абакан, в 5,5 км от ее устья. Доступ к нему возможен на лодке от г. Абаза или на вертолете.

Малосырский источник
 
Известен Малосырский источник с характерным сероводородным запахом. Он находится в долине речки Малый Сыр Аскизского района в 10 км западнее деревни Малый Сыр. По составу вода источника гидрокарбонатная натриевая, содержание сероводорода 4,0 мг/дм3, кремниевой кислоты 22 мг/дм3, минерализация 0,73 г/дм3.

В целом использование минеральных подземных вод для лечебных и питьевых нужд сдерживается отсутствием заинтересованных потребителей и слабой изученностью этого вопроса.
 
Слабо изучен вопрос о промышленных подземных водах. С 1884 г. известно Абаканское проявление рассолов, приуроченное к западной части котловины оз. Талое в Усть-Абаканском районе. Рассолы хлоридного натриевого типа с минерализацией до 100 г/дм3. С помощью девяти колодцев глубиной 6 - 10 м до 1952 г. из рассолов производилась добыча соли.