Государственный природный биологический заказник «Кискачинский» расположен в Алтайско-Саянской горной области, в центральной части Республики Хакасия, на территории Усть-Абаканского района. Непосредственно по территории заказника проходит Батеневский кряж, пересекающий заказник с северо-запада на юго-восток.

Ближайшие населенные пункты: на востоке в 13 км – г. Сорск, в 16 км – д. Ербинская; на юго-востоке в 13 км с. Усть-Бюр; на северо-западе в 5 км – д. Улень; на северо-востоке в 13 км с. Сонское; в 14 км от северной границы заказника расположен п.Туим. До столицы республики - г.Абакана 85 км на юго-восток.

Вдоль восточной границы заказника на расстоянии около 7,5 км проходит железная дорога, соединяющая Республику Хакасия с Красноярским краем (Абакан – Ужур - Красноярск). Параллельно железной дороге располагается автомобильная дорога, соединяющая населенные пункты Хакасии: Усть-Бюр – Ербинская – Сорск – Туманное.

Озера на территории заказника «Кискачинский» отсутствуют. Вдоль южной и западной границ протекает река Иней, впадающая в приток р. Белый Июс - Улень, далее на к северной границе протекают р. Малый Улень и р. Када, берущая начало на Уленьском хребте. Кроме того, территория заказника испещрена мелкими реками, притоками р.Уйбат и р.Белый Июс. В питании рек основное участие принимают талые воды, жидкие осадки и поверхностные воды.

В районе расположения природного заказника преобладают горные подзолистые, горные серые лесные почвы.

На территории заказника «Кискачинский» произрастает 969 видов высших растений, из них 4 вида растений, занесенных в Красную книгу РСФСР, 14 видов относящихся к генофонду Сибири и нуждающихся в охране, 11 видов высших сосудистых растений являющихся потенциально редкими, исчезающими и легкоуязвимыми видами Хакасии. Флора представлена такими растениями как остролодочник заключающий, журавельник татарский, ковылечек мелкоцветковый, левкой великолепный, кувшинка четырехугольная, лук южносибирский, мак хакасский, венерин башмачок настоящий, гнездоцветка клобучковая, флокс сибирский, наголоватка многоцветковая и тд.

Наибольшие площади принадлежат таежному и подтаежному высотным поясам, менее четко выражены высокогорный и лесо-степной пояса.
В структуре растительного покрова основное значение имеют леса, занимающие 14,1 тыс. км2, или 72,3% от всей площади, занятой естественной и культурной растительностью. Произрастают темнохвойные (30,8%), светлохвойные, преимущественно лиственничные, наиболее характерные для провинции Кузнецкого нагорья (28,2%), и вторичные лиственные леса (13,3%). Большие площади (9,5% территории) недавно были покрыты лесом, а сейчас представляют собой гари и вырубки с высокотравными и вейниковыми сообществами начальных стадий процесса олуговения. На долю тундровой и луговой растительности высокогорного пояса приходится 4,2%. Долинные и суходольные луга лесных поясов занимают 5,7% площади; фрагменты настоящих, луговых и каменистых степей — в совокупности всего 2,3% и на долю прочей растительности (на болотах, по крутым каменистым склонам, россыпям и зарослям бурьянов около поселков) приходится 3,6%.

Фауна наземных позвоночных животных на территории заказника «Кискачинский» представлена: класс Земноводные - 2 вида, класс Пресмыкающиеся – 3 вида, класс Птицы - 206 видов (овсянка полярная южная, лебедь-кликун, чайка малая, гусь серый, крачка черная, крачка белокрылая, пеганка, аист черный, выпь большая, пестрогрудка сибирская, погоныш-крошка, сорокопут серый, стриж иглохвостый, горихвостка сибирская, пастушок, песочник длиннопалый, кроншнеп большой, грязовик, синица усатая, дупель, вяхирь, сыч воробьинный, филин, журавль серый, журавль черный, скопа, беркут, осоед хохлатый, кобчик, лунь степной, лунь луговой, дербник, сапсан, подорлик большой, орлан-белохвост, кречет, могильник и тд), класс Млекопитающие – 48 видов. Здесь встречается 7 видов рыб, относящихся к 5 семействам.

Важнейшую роль в функционировании биоценозов территории играют грызуны, здесь их обитает 24 вида. Из Хищных на территории заказника постоянно обитает 12 видов. Отряд Парнокопытные представлен 2-мя семействами: свиные (кабан) и оленьи  (олень благородный , косуля сибирская, лось).

Основными задачами заказника является:

- сохранение и восстановление популяции диких копытных животных (косуля сибирская, лось, олень благородный (марал), кабан) и среды их обитания, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения объектов животного мира, занесенных в Красные книги Российской Федерации и Республики Хакасия;
- сохранение среды обитания и путей миграции объектов животного мира;
- систематическое проведение учетов численности основных видов охраняемых животных;
- улучшение условий обитания охраняемых диких животных:
- проведение биотехнических мероприятий по оказанию помощи диким животным (подкормка, борьба с врагами и болезнями, спасение бедствующих зверей, птиц и др.);
- проведение биотехнических мероприятий по сохранению и увеличению емкости угодий (подкормочные поля, ремизы, водопои и т.п.);
- ветеринарно-профилактические мероприятия по оздоровлению популяций охотничьих животных;
- ведение Летописи заказника с целью получения экологической информации для осуществления мониторинга территории, а также участие в научных исследованиях;
- проведение воспитательной и пропагандистской работы с населением, экскурсии.