В ноябре 1999г. постановлением Правительства Российской Федерации 4.09.1999 № 1004 заповедники «Чазы» и «Малый Абакан» были объединены в один государственный природный заповедник «Хакасский». В мае 2001 года подписано Постановление Правительства Российской Федерации «О расширении государственного природного заповедника «Хакасский» за счет спроектированного дополнительного участка «Заимка Лыковых». Заповедник «Хакасский» включает в себя 9 кластерных (изолированных) участков в Орджоникидзевском, Ширинском, Боградском, Усть-Абаканском и Таштыпском районах. Общая площадь заповедника — 267,9 тыс. га.

Государственный природный заповедник «Хакасский» является природоохранным, научно-исследовательским и эколого-просветительским учреждением федерального значения. Главной целью деятельности заповедника является сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, сохранение генетического фонда растительного и животного мира, а также отдельных видов и сообществ растений и животных.

На сотрудников заповедника «Хакасский» возлагаются следующие задачи: осуществление охраны природных комплексов и объектов; осуществление экологического мониторинга; организация и проведение научных исследований, включая ведение летописи природы; экологическое просвещение;
содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей природной среды.

Специфика природных условий участков заповедника, определяющая богатый набор биологического и ландшафтного разнообразия, позволяет объединить их в две природные группы — степную и горно-таежную.

Основными объектами охраны в заповеднике являются:

- для степной группы участков:

степные, луговые и древесно–кустарниковые растительные сообщества и животный мир степного и лесостепного растительных поясов Минусинской котловины; внутренние водоемы (озера); водно-болотные угодья; места произрастания редких и эндемичных видов растений; 244 вида птиц, 52 вида млекопитающих, 6 видов пресмыкающихся, 4 вида земноводных; 837 видов высших сосудистых растений.

- для горно-таёжной группы участков:

кедровые леса с присущими им комплексами растительного и животного мира; более 139 видов птиц, 50 видов млекопитающих, 3 вида земноводных и 3 вида пресмыкающихся; 540 видов высших сосудистых растений; ценные охотничьи виды животных - соболь, марал, лось, норка, глухарь, а также места нереста хариуса, ленка, тайменя; редкие виды животных Алтае-Саянской горной страны, занесённые в Красную книгу РФ и Красную книгу Хакасии, обитающие на территории заповедника - северный олень, кабарга, выдра, снежный барс.

Степная группа включает в себя 7 участков:

Участок «Озеро Шира» (площадь 1 397 га)

Располагается участок в Ширинском районе Республики Хакасия. В состав заповедного участка входит небольшая часть акватории в юго-восточной части озера Шира и нижнее течение впадающей в него речки Сон, протекающей по заболоченной пойме. Устье реки Сон – единственный водоток, питающий озеро. В период пролетов на озере останавливаются лебеди: кликун и тундровый, а также гуси и утки. В зимнее время здесь можно встретить белую полярную сову.

Участок «Озеро Иткуль» (площадь 5 547 га)

Располагается участок в Ширинском районе Республики Хакасия. Находится на юго-востоке Чебаковско-Балахтинской впадины. Заповедный участок охватывает береговую зону и всю акваторию озера. Территория суши вытянута в юго-восточном направлении на 8 км от озера. Озеро Иткуль – крупный пресный водоем площадью 2,3 тыс.га. Западный и юго-западный берега озера заболочены, здесь в озеро впадает р.Карыш и р.Карасук. Территория участка, кроме озера Иткуль, включает еще пять слабо минерализованных Спиринских озер. До введения заповедного режима значительные площади участка были заняты пашней и естественными кормовыми угодьями. Сейчас, благодаря заповедному режиму, идет активное восстановление степной растительности.

Участок «Озеро Белё» (площадь 5 285 га)

Располагается участок в Ширинском районе Республики Хакасия. Находится в Чебаковско-Балахтинской впадине. Территория участка включает юго-восточные, северные и юго-западные окрестности Малого плеса озера Белё, а также северные окрестности Большого плеса, небольшую часть его акватории и мелководный пролив. Весной и осенью озеро становиться местом отдыха для многих тысяч перелетных птиц. Стаи краснозобой казарки, серого гуся, пискульки, сухоноса, лебедя-кликуна, турпана горбоносого и других перелетных видов птиц останавливаются на заповедных берегах. Журавль-красавка образует весеннее-летние и летнее-осенние скопления до 1,5 – 2 тысяч особей на сопредельных и заповедных площадях участка, а в августе и сентябре здесь формируется предотлетное скопление огарей до 4 — 5 тысяч особей. Мелководный пролив озера Белё является Ключевой Орнитологической Территорией России и Азии.

Участок «Оглахты» (площадь 2 590 га)

Участок занимает две территории, расположенные вдоль левого берега Красноярского водохранилища, в горном массиве «Оглахты» в Боградском районе Республики Хакасия. Заповедная территория включает в себя часть хребта Оглахты, который отделяет друг от друга Минусинскую и Сыдо-Ербинскую котловины. Большое распространение на участке «Оглахты» имеет барсук, благодаря чему на территории участка большое количество барсучьих городов, троп и дорожек, которые в ширину достигают полуметра. Через территорию участка проходит миграционный путь косули сибирской.

Участок «Камызякская степь с озером Улуг-Коль»(площадь 4789 га)

Участок находится в Усть-Абаканском районе Республики Хакасия, в правобережье речки Кутень-Булук. Озеро Улуг-Коль располагается в южной части участка. На севере участок включает южные склоны низкогорного хребта Азыр-Тал, который затем переходит в Уйбатскую степь с обширным равнинным участком приозерной котловины оз. Улуг-Коль. Озеро Улуг-Коль является ключевой орнитологической территорией (КОТР) Международного статуса. Здесь зафиксировано самое крупное в Средней Сибири поселение кулика-шилоклювки, занесённого в Красную книгу РФ. Многие виды птиц, занесенные в Красную книгу, останавливаются здесь весной и осенью во время пролетов. В августе на озере формируется скопление водоплавающих птиц общей численностью 5 — 8 тыс. особей. В период весенних и осенних миграций угодье является промежуточным этапом для пролета тысяч уток, гусей, лебедей и особенно куликов.

Участок «Хол-Богаз» (площадь 2 499 га)

Заповедный участок располагается в районе хребта Азыр-Тал Батеневского низкогорного кряжа Кузнецкого Алатау. Находится в Усть-Абаканском районе Республики Хакасия.

Участок «Подзаплоты» (площадь 5 181 га)

Располагается участок в северной части Республики Хакасия на территории Орджоникидзевского района, на подветренном склоне Кузнецкого Алатау. Занимает западную часть Чебаковско-Балахтинской впадины в междуречье Чёрного и Белого Июса, выше места их слияния на 12 км. Весной и осенью в заболоченную пойму р. Кизилки приходят лоси. Иногда это бывает взрослая пара лосей, иногда самка с детенышем. В зимнее время участок регулярно посещает рысь, а летом постоянно отмечаются следы пребывания одного бурого медведя. Через территорию участка проходит миграционный путь косули сибирской (октябрь — ноябрь), ее численность в это время значительно возрастает, и встречаются группы до 30 особей.

Горно-таёжная группа включает в себя 2 участка, расположенных в среднегорной и высокогорной части северного макросклона Западного Саяна:

Участок «Малый Абакан» (площадь 97 829 га)

Участок расположен в Таштыпском районе Республики Хакасия. Территория находится в среднегорной части северного макросклона Западного Саяна, в междуречье рек Малый Абакан и Карасума. Бассейны рек разделяет хребет Чук-Чут, проходящий посреди участка и делящий его примерно на две равные части.

В состав участка «Малый Абакан» входят высокобонитетные кедровники и высокогорья как места обитания редких видов животных. К тому же её месторасположение удалено от населённых пунктов и малодоступно.

В феврале 2002 г. впервые на участке был отмечен северный олень при проведении зимних учетных работ в вершине реки Кабансуг. В июне 2004 г. впервые в пределах участка «Малый Абакан» был отмечен бобр.

Два вида млекопитающих на данной территории появились сравнительно недавно: американская норка — в результате акклиматизации в 1955 году, а кабан стал заселять северный макросклон Западного Саяна в конце 1970-х годов, придя на участок «Заимка Лыковых» из Тувы. Помимо этого, имеются сведения о возможности встреч вблизи южных границ сибирского козерога и алтайского горного барана-аргали. Постоянно отмечаются следы пребывания ирбиса (снежного барса) на южной границе участка.

Участок «Заимка Лыковых» (площадь 142 441 га)

Находится на стыке границ Хакасии, Тывы и Алтая защищает уголок дикой природы, в наименьшей степени подвергнутый антропогенному воздействию. Участок образован в мае 2001 года в Таштыпском районе и практически не исследован. Своеобразный микроклимат межгорной долины рек Каратош и Изерла, ландшафтное разнообразие, а также малоснежье (20-30 см) по сравнению с сопредельными территориями, где высота снежного покрова достигает 1,0 — 1,5 м и обильная кормовая база, создают оптимальные условия для зимовки диких животных, мигрирующих с прилежащих территорий на стыке границ трех республик (Хакасия, Тыва и Алтай). Участок «Заимка Лыковых» считается эталоном дикой природы Западного Саяна, имеющим важное значение в сохранении биологического разнообразия административно разобщенных республик.

Растительный покров исследован не в полной мере. Выделяются горно-таежный и высокогорный пояса. На сегодняшний день отмечено около 300 видов высших сосудистых растений, 4 вида занесены в Красную книгу России, 9 видов — в Красную книгу Хакасии.

Животный мир достаточно разнообразен, но до настоящего времени полностью ещё не обследован. Особенно высокой численности, по сравнению с другими районами, достигают соболь, кабарга, медведь, белка и норка. Из редких и исчезающих видов, занесенных в Красные книги России и Хакасии, встречаются северный олень (алтае-саянская популяция), сибирский козерог, горный баран аргали, снежный барс, выдра, скопа, беркут, черный аист, алтайский улар и другие.

Участок «Заимка Лыковых» представляет собой резерват для сохранения и расселения снежного барса, горного барана арали, козерога, выдры, соболя, марала, северного оленя (саянская раса). Здесь расположены основные миграционные пути, места обитания и зимнего отстоя редких и ценных видов животных. Данная территория служит полигоном изучения их биологии и экологии.