Балыкса как небольшой приисковый поселок образовалась в 1848 году в горно-таежной части Аскизского района Хакасии на реке Балыкса - притоке Томи.  Удаленность от административных центров, полное отсутствие дорог, преобладание каторжного труда. Закон правили золотопромышленники, иноземные арендаторы, а человек был пылинкой. Преобразования пришли не скоро. И после Гражданской войны старатели страдали от отсутствия хлеба и соли, разбоя банд Бидаркина и Соловьева. Только в 1932 году был организован Балыксинский сельский Совет с центром в поселке Неожиданный, который объединил 20 приисковых поселков, где работали как государственные артели, так и старатели-единоличники. К сожалению, не сохранилось документов и других свидетельств тех лет из-за пожара в 1956 году. Со слов старожилов Балыксы и Неожиданного, а они в свою очередь это слышали от своих родителей, прииск Неожиданный до революции арендовали англичане. Здесь старались и негры: добывали золото, собирали травы и ягоды.

Школы, клубы и другие культурно-просветительские учреждения появились с приходом советской власти; первая библиотека открыта в 1937 году. В Балыксе была церковь, которую перестроили под клуб и поссовет. До Великой Отечественной войны на прииске работали, добывали золото заключенные, вольные, вербованные и даже дети. Прииск имел 12 участков: Веселый, Кедровка, Усть-Кедровка, Иннокентьевка, Федоровка, Александровка, Николаевка и другие. В настоящее время от большинства поселений не осталось и следа.

Наибольшего развития Балыкса достигла с началом строительства железной дороги Абакан — Новокузнецк. В 1956 году здесь был организован Верхне-Томский леспромхоз, самый крупный в Хакасии, с годовым объемом заготовок древесины в 300 тысяч кубометров. Железная дорога, а с нею четыре станции, находящиеся на территории Балыксинского поссовета, новые шоссейные дороги, соединившие поселки, совершенно изменили таежную глубинку.

В 1967 году на территории поселений поссовета были одна средняя, две восьмилетние, шесть начальных школ, три детских сада и четыре яслей, комбинат бытового обслуживания, два почтовых отделения, сберкасса, 16 магазинов, четыре железнодорожные станции; проживало семь тысяч человек. В настоящее время полностью прекращена золотодобыча, ликвидировано предприятие по заготовке и переработке леса, в связи с чем число жителей снизилось до 2183 чел. (01.01.2004), в т.ч. русские, шорцы, хакасы, немцы.В 1997 году Балыксинский поссовет преобразован в сельский Совет, а поселок Балыкса получил статус села.

После длительного застоя родилась новая форма деятельности — предпринимательство. Балыксинцы и жители близлежащих сел так же трудятся на железной дороге, занимаются камнеобработкой, разведением пчел. Работает ряд муниципальных учреждений. В 2007 году после долгих лет ожидания введена в эксплуатацию прекрасная средняя школа. Строительство больницы началось в 2008 году, был заложен фундамент, возведены стены, перекрытия, лестницы, кровля и установлены окна, после чего по финансовым причинам работы приостановились. В феврале 2017 строительство возобновилось, сейчас все работы завершены, приобретено необходимое медицинское оборудование и больница готова к приему пациентов.

Расстояние от Балыксы до райцентра — села Аскиз — 140 км, до города Абакана — 250 км.