Государственный природный биологический заказник «Кискачинский» расположен в Алтайско-Саянской горной области, в центральной части Республики Хакасия, на территории Усть-Абаканского района. Непосредственно по территории заказника проходит Батеневский кряж, пересекающий заказник с северо-запада на юго-восток.

Майнское водохранилище находится на реке Енисей, между плотинами Саяно-Шушенской и Майнской ГЭС. Правый берег водохранилища является территорией Красноярского края, левый берег принадлежит республике Хакасия. Енисей в этих местах является быстрой, бурной рекой с сильным течением. Однако в Майнском водохранилище быстрое и бурное течение воды отмечается только в его верхней части, у плотины Саяно-Шушенской ГЭС.

Заказник расположен в подтаежном поясе, на восточном макросклоне Кузнецкого Алатау, в среднем течении реки Белый Июс. Здесь преобладают светлохвойные лиственничные, сосновые леса, встречается кедр. Хорошо развита горная лесостепь с березовыми и смешанными лесами по северным склонам и луговыми, каменистыми степями по южным. В долинах рек произрастают пойменные еловые леса с богатым кустарниковым подлеском. Скалистые берега реки Белый Июс скрывают множество пещер и гротов.

Талое озеро — это первое место добычи соли в Западной и Центральной Сибири. В отличие от других соленых озер Хакасии подстилающие его слои горных пород почти не содержат соли, при этом общий уровень минерализации здесь превышает 100 г/л.

Озеро Усколь - искусственное, расположено в Улуг-Кольской бессточной области Уйбатской степи. Принадлежит эта земля Усть-Абаканскому району. Возникло оно на гребне дамбы, которую возвели как сооружение мелиоративной системы.

Озеро Джирим это одно из целебных озер республики Хакасия. Водоем расположен в Чулымо-Енисейской котловине. Джирим принадлежит Беле-Ширинским бессточным областям. Южное и восточное побережье частично заболочены. Озеро окружено Джиримской степью (Ширинский район).

Озеро Бугаево находится в Койбальской степи, расположенной на территории Алтайского района примерно в 5 км от с.Новомихайлока. Это искусственный водоем, который был образован на месте небольшого озера во времена введения в эксплуатацию Койбальской оросительной системы. 

Ошколь (хак. Оскӧл/Ошкӧл) — пресноводное озеро небольших размеров, расположено в 10 км северо-западнее посёлка Чёрное озеро Ширинского района Хакасии, в правобережной части долины реки Чёрный Июс.

Река Туим протекает по территории пяти населенных пунктов: с. Туим, д. Тупик, аал Малый Спирин, п. Шира, с. Целинное, которые имеют общую численностью населения более 16 тыс. человек. Самыми крупными населёнными пунктами является с. Туим и с. Шира.

Ерба (хак. Чорба) — река в восточной части Сыдо-Ербинской котловины, левый приток Красноярского водохранилища. Собственное название Ерба получает при слиянии рек Большая Ерба и Сухая Ерба северо-западнее с. Большая Ерба

Биджа (хак. Піӌі (жажда)) — река в западной части Южно-Минусинской котловины, левый приток Енисея, впадает в Красноярское водохранилище, берет свое начало от родников, выходящих из-под скалы на южном склоне Биджинского хребта в 2,2 км к югу от с. Вершино-Биджа.

 Камышта (хак. Ӧӧк, Хамыстығ) — река в Южно-Минусинской котловине, левый приток реки Абакан (впадает в 75 км от устья). Само название Камышта русского происхождения, на пути своего течения речка пересекает озеро Камышовое, отсюда его название.